環狀RNA芯片

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• SCI成果

•        环状RNA（circRNA）是一类由特殊剪接机制形成的、具有闭合环状结构、大量存在于真核转录组中的非编码RNA；也是目前生命科学和医学领域的研究热点分子。circRNA分子的组织特异性、疾病特异性、时序特异性及高稳定性等特征，使得circRNA作为临床疾病的biomarker具有明显的优势。近来研究显示，环状RNA在不同物种中起到miRNA海绵的作用，称之为竞争性内源RNA（ceRNA），即能竞争性结合miRNA。而与疾病关联性miRNA的相互作用说明环状RNA对疾病的调控起着非常重要的作用。此外，一些内含子类型的环状RNA（ciRNA）会促进宿主基因的转录。
         为了能够更好地研究circRNA，美国Arraystar公司在全球首款circRNA芯片基础上迅即升级版本为V2.0。其circRNA来源融合了环状RNA研究的最新顶尖文献，所有cicrRNA都经过了严谨的实验验证，以便于对不同生理及病理条件下的circRNA进行系统的研究。同时我们对所有差异表达的circRNA用高匹配值的miRNA靶标位点进行了标注，这将有利于对circRNA作为天然miRNA海绵功能的进行研究。

  给我免费播放片高清在线观看生物是Arraystar公司中国地区唯一代理商，为您提供一站式circRNA芯片技术服务，您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，给我免费播放片高清在线观看的技术服务人员就可为您完成全部实验操作，并提供完整的实验报告。

  Arraystar公司circRNA芯片产品列表

  
  

  服务	芯片	规格	描述
  Human circular RNA Microarray Service	Human circular RNA Array V2.0	8x15K	13,617 human circular RNAs
  Mouse circular RNA Microarray Service	Mouse circular RNA Array V2.0	8×15K	4,236 Mouse circular RNAs
  Rat circular RNA Microarray Service	Rat circular RNA Array V2.0	8×15K	14,145 Rat circular RNAs

• ● 全面、系统的circRNA收集：circRNA研究领域顶尖期刊和权威公共数据库，运用强大的信息筛选系统，挑选出最可靠的circRNA。

  ● 高效、精准的circRNA检测：剪接位點特異性探針與Rnase R预处理双重保障，即便相应线性RNA存在也能特异性检测circRNA。

  ● 嚴謹、可靠的Spike-in对照：在RNA样品中加入一组由ERCC (External RNA Controls Consortium)开发的外源性RNA，可对RNA扩增，标记和芯片杂交过程中产生的实验偏差进行校正，增加样本间结果比较的可靠性。

  ● 詳盡、丰富的circRNA注释：Arraystar miRNA靶基因预测软件对circRNA上的保守miRNA的结合位点进行了预测，并对其中匹配分值较高的位点进行了注释（下图）。此外，我们还提供了与circRNA对应的线性mRNA信息。根据信息，客户可以很方便地从不同角度研究circRNA的作用机制和生物功能。

  
  

• 1. 样品RNA抽提
         实验对象为组织样品，取适量（50-100mg）新鲜组织样品或正确保存的组织样品，加1ml的RNA抽提试剂TRIzol（Invitrogen），匀浆后抽提RNA。
         实验对象为细胞样品，每份样品取1×106～1×107细胞，完全吸去培养液后加1ml的RNA抽提试剂TRIzol，裂解后抽提RNA。
  2.  RNA质量检测
         使用Nanodrop测定RNA在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值，以计算浓度并评估纯度。
         用甲醛电泳试剂进行变性琼脂糖凝胶电泳，检测RNA纯度及完整性。
         提供RNA QC报告。
  3. RNase R处理
  4. cDNA/aRNA样品合成和标记
  5. 标记效率质量检测
         使用Nanodrop检测荧光标记效率，标记效率合格以保证后续芯片实验结果的可靠性。
  6. 芯片杂交
         在标准条件下将标记好的探针和高密度基因组芯片进行杂交。
  7. 图像采集和数据分析
         使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度，并将实验结果转换成数字型数据保存，使用配套软件对原始数据进行分析运算。
  8. 提供实验报告：
         • Scanning Image: Cy3荧光扫描图像；
         • Scatter Plot:散点图，X轴为Control信号值，Y轴为Experiment信号值，表示信号数据总体分布趋势；
         • Raw Data:探针的扫描荧光信号强度原始数据；
         • Normalized Data:经过统计学方法标准化后数值；
         • P–value: T-test统计分析显著差异表达的基因，p-value越小，该circRNA在两组样本间差异表达越显著；        

         • Significant Up & Down Regulated CircRNA List:显著差异表达的circRNA列表包含Fold Change, p-value。

  
  

• circRNA在免疫衰老中的相关研究(Comprehensive circular RNA profiling reveals that circular RNA100783 is involved in chronic CD28-associated CD8(+)T cell ageing. Immunity & Ageing, 2015)

         生物机体免疫系统随着年龄的增长而不断恶化，这个过程被称为免疫衰老(immunosenescence)；免疫衰老与系统炎症反应、慢性炎症疾病及癌症发生等密切相关，但目前对引发免疫衰老的机制了解的甚少。该研究通过Arraystar circRNA芯片筛选发现：在健给我免费播放片高清在线观看人与免疫力低下的老年人的外周血淋巴细胞中，circRNA的表达谱具有明显的差异。在差异表达的circRNA中，研究者通过qPCR验证发现hsa_circRNA_100783可以明显区分两种不同类型的样本，可以作为免疫衰老的biomarker。研究者接着对circRNA可能结合的miRNA进行了靶基因预测，推测circRNA很可能通过调控磷酸蛋白信号转导途径来影响免疫细胞衰老的过程。

• → Circular RNA MTO1 acts as the sponge of miR-9 to suppress hepatocellular carcinoma progression.  Hepatology. 2017

  → A Circular RNA Binds To and Activates AKT Phosphorylation and Nuclear Localization Reducing Apoptosis and Enhancing Cardiac Repair. Theranostics. 2017

  → CircRNA_100290 plays a role in oral cancer by functioning as a sponge of the miR-29 family. Oncogene. 2017

  → Circular RNA_LARP4 inhibits cell proliferation and invasion of gastric cancer by sponging miR-424-5p and regulating LATS1 expression. Molecular Cancer. 2017

  → Comprehensive Circular RNA Profiling Reveals That hsa_circ_0005075, a New Circular RNA Biomarker, Is Involved in Hepatocellular Crcinoma Development. Medicine. 2016

  → CircRNA_000203 enhances the expression of fibrosis-associated genes by derepressing targets of miR-26b-5p, Col1a2 and CTGF, in cardiac fibroblasts. Scientific Reports. 2017

  → Changing expression profiles of lncRNAs, mRNAs, circRNAs and miRNAs during osteoclastogenesis. Scientific Reports. 2016

  → Circular RNA Related to the Chondrocyte ECM Regulates MMP13 Expression by Functioning as a MiR-136 'Sponge' in Human Cartilage Degradation. Scientific Reports. 2016

  → Changing expression profiles of lncRNAs, mRNAs, circRNAs and miRNAs during osteoclastogenesis. Scientific Reports. 2016

  → Circular RNA Related to the Chondrocyte ECM Regulates MMP13 Expression by Functioning as a MiR-136 'Sponge' in Human Cartilage Degradation. Scientific Reports. 2016

  → Circular RNA expression profile and potential function of hsa_circRNA_101238 in human thoracic aortic dissection. Oncotarget. 2017

  → Circular RNAs signature predicts the early recurrence of stage III gastric cancer after radical surgery. Oncotarget. 2017

  → Circ100284, via miR-217 regulation of EZH2, is involved in the arsenite-accelerated cell cycle of human keratinocytes in carcinogenesis. Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Molecular Basis of Disease. 2017

  → Microarray Expression Profile of Circular RNAs in Peripheral Blood Mononuclear Cells from Rheumatoid Arthritis Patients. Cellular Physiology and Biochemistry. 2017

  → Identification of circular RNAs as a promising new class of diagnostic biomarkers for human breast cancer. Oncotarget. 2017

  → Profiling and bioinformatic analysis of circular RNA expression regulated by c-Myc. Oncotarget. 2017

  → CircRNA expression pattern and circRNA-miRNA-mRNA network in the pathogenesis of nonalcoholic steatohepatitis. Oncotarget. 2016

  → Comprehensive analysis of differentially expressed profiles of lncRNAs and circRNAs with associated co-expression and ceRNA networks in bladder carcinoma.Oncotarget. 2016

  → Landscape of RNAs in human lumbar disc degeneration. Oncotarget. 2016

  → CircRNA_100269 is downregulated in gastric cancer and suppresses tumor cell growth by targeting miR‐630. AGING-US. 2017

  → Circular RNA Expression Profile of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Revealed by Microarray. Cellular Physiology and Biochemistry. 2016

  
  

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