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基因芯片技術服務 DNA甲基化芯片 DNA羟甲基化芯片 ChIP-chip |
NGS测序技术服务 DNA甲基化测序 DNA羟甲基化测序 染色質免疫共沉澱測序 |
PCR技术服务 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
蛋白相對定量 TMT标记定量技术 非標定量技術 |
蛋白修飾 TMT标记定量磷酸化 非標定量磷酸化 |
RNA/蛋白-蛋白相互作用 RNA-蛋白相互作用 蛋白-蛋白相互作用 |
染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,利用该技术不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用,还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰以及转录因子与基因表达的关系。
结合高通量的新一代测序技术(Illumina Hiseq),通过对染色质免疫共沉淀(ChIP)富集得到的DNA片断进行大规模测序,研究人员可获得数百万条序列标签,并能把所关注的蛋白的DNA结合位点精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内组蛋白各种修饰状态、转录因子结合位点的高分辨率分布图。染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)是继ChIP-chip之后,蛋白/核酸相互作用研究领域的又一技术突破。高质量、高通量、低成本的数据产出,为表观遗传组学研究提供了一套全新高效的技术工具。
染色質免疫共沉澱測序應用領域:
组蛋白修饰,转录因子,RNA polymerase II,转录因子等。
上圖:染色质免疫共沉淀技术已应用于检测组蛋白各种共价修饰、CTCF、RNA polymerase II以及各种转录因子等DNA结合蛋白在基因组上的精确定位,为表观遗传组学与基因转录调控机制研究提供了又一有力工具。(摘自Park P.J, 2009,Nature Reviews Genetics)
● 一站式服务:客戶只需提供樣品,给我免费播放片高清在线观看的技术服务人员就可为您完成全部实验操作,包括染色质免疫共沉淀、IP与 Input DNA文库构建、高通量测序和数据分析、并提供完整的实验报告。
1. 染色质免疫共沉淀(ChIP)
*富集区注释(peak annotation)
* 富集区相关基因的GO和Pathway
给我免费播放片高清在线观看生物基本数据分析展示
1. Reads统计
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Sample A
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测序类型(单端/双端)
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单端
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reads长度
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100bp
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物种
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Homo sapiens
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基因组版本
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HG19
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Clean Reads(经过Illumina CHASTITY过滤)
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31,345,987
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比对到基因组唯一位置的Reads
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26,121,682
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*图释:富集区域识别结果。
*图释:五种类型峰位置
*图释:ChIP-Seq富集峰注释
小兒神經膠質瘤的組蛋白修飾和基因表達調控(Chan, Fang et al. 2013)
→ MeCP2, a target of miR-638, facilitates gastric cancer cell proliferation through activation of the MEK1/2-ERK1/2 signaling pathway by upregulating GIT1. Oncogenesis. 2017
→ Oxidized Guanine Base Lesions Function in 8-Oxoguanine DNA Glycosylase1-Mediated Epigenetic Regulation of Nuclear Factor kappaB-Driven Gene Expression. The journal of biological chemistry. 2016