超級增強子lncRNA芯片

• 簡介
• 芯片特點
• 數據庫
• 實驗流程

•        超级增强子lncRNA（SE-lncRNA）是一类由超级增强子区域转录而来的lncRNA。该lncRNA与超级增强子一起，调控特定细胞谱系发育和身份决定过程中的基因表达。SE-lncRNA与多种疾病有关，许多病理性表型都伴随着SE-lncRNA表达水平的显著变化[1-3]。SE-lncRNA表达水平检测对于研究超级增强子活性、功能机制和疾病相关性都十分必需。Arraystar公司开发了市场上首款SE-lncRNA芯片，可同时对SE-lncRNA以及受其调控的编码基因进行全面、系统的表达检测。Arraystar SE-lncRNA芯片目前包含人和小鼠两个版本。

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  服务	芯片	规格	描述
  Human SE-lncRNA 芯片服务	Arraystar Human SE-lncRNA Microarray	8 * 15K	SE-lncRNAs (7753）+ mRNAs (7040)
  Mouse SE-lncRNA芯片服务	Arraystar Mouse SE-lncRNA Microarray	8 * 15K	SE-lncRNAs (8222) + mRNAs (6385)

  參考文獻

  1. Bradner JE, Hnisz D, Young RA: Transcriptional Addiction in Cancer. Cell 2017, 168(4):629-643.[PMID: 28187285]

  2. Alvarez-Dominguez JR, Knoll M, Gromatzky AA, Lodish HF: The Super-Enhancer-Derived alncRNA-EC7/Bloodlinc Potentiates Red Blood Cell Development in trans. Cell Rep 2017, 19(12):2503-2514.[PMID: 28636939]

  3. Xiang JF et al: Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-range chromatin interactions at the MYC locus. Cell Res 2014, 24(5):513-531.[PMID: 24662484]

  4. Vucicevic D et al: Long ncRNA expression associates with tissue-specific enhancers. Cell Cycle 2015, 14(2):253-260.[PMID: 25607649]

  5. Hon CC et al: An atlas of human long non-coding RNAs with accurate 5' ends. Nature 2017, 543(7644):199-204.[PMID: 28241135]

  6. Soibam B: Super-lncRNAs: identification of lncRNAs that target super-enhancers via RNA:DNA:DNA triplex formation. RNA 2017, 23(11):1729-1742.[PMID: 28839111]

• 強大而可靠的SE-lncRNA收集与鉴定方法

      ● lncRNA信息来自Arraystar公司所专有的高质量的转录组与lncRNA数据库

          - 收集整理了Refseq, UCSC knownGene, GENCODE, lncRNAdb, RNAdb, NRED和lncRNA Catalogs等权威数据库中的lncRNA

          - 收集了注释完善、经过实验验证和有Pubmed索引的“金标准”lncRNA

          - 手动收集了权威期刊上新出现的lncRNA

      ● 超級增強子區域信息來自dbSUPER数据库

      ● Mapping到超级增强子区域的lncRNA被鉴定为SE-lncRNA

  

  圖1.Arraystar SE-lncRNA芯片内容收集流程图

  
  

  一塊芯片同時檢測SE-lncRNA及其靶基因的表达水平，可直观、精确的找到二者之间的调控关系

  針對特定的外顯子或剪接區域設計探針，特异性的区分SE-lncRNA的不同isoform（图2）；灵敏度高，可检测到细胞中的单拷贝转录本

  

  圖2.探针#2可特异性的检测isoform CCAT1-L

  
  

  提供超級增強子、超级增强子lncRNA与其靶基因的详尽注释信息

  
  

  

  

  圖3.SE-lncRNA注释信息示例

  
  

  
  

  
  

• 人SE-lncRNA芯片参数

  
  

  探针总数	14873
  探针长度	60 nt
  探针挑选策略	挑选针对SE-lncRNA特异外显子或剪接位点的探针
  探针特异性	转录本特异性
  标记方法	使用高效的线性扩增方法来产生荧光标记的cRNA，灵敏检测低拷贝转录本
  SE-lncRNAs & Super-lncRNAs检测数目	7753
  SE-lncRNAs靶基因检测数目	7040
  SE-lncRNAs来源	- 从Arraystar专有的转录组数据库挑选“金标准”lncRNA和可靠性高的lncRNA，然后与dbSUPER数据库中的超级增强子区域进行匹配。与超级增强子区域重叠的lncRNA被鉴定为SE-lncRNA。 - 从文献[4, 5]收集增强子lncRNA，若该增强子位于超级增强子区，则被认为是SE-lncRNA。
  Super-lncRNAs 来源	Super-lncRNA是指与超级增强子区域形成RNA:DNA:DNA三螺旋的lncRNA，可招募调控因子至超级增强子区，从而影响染色体结构，并作为空间放大器，促进超级增强子相关的组织特异性基因表达。主要收集于文献[6]。
  SE-lncRNA靶基因来源	与SE-lncRNA基因组位置重叠或在其转录起始位点50 Kb以内的Refseq基因被收集为SE-lncRNA靶基因。这些基因还包含了来自TF checkpoint数据库中的3153个转录因子基因与来自Bushman Lab数据库中的1448个癌症相关基因。
  芯片规格	8 * 15K

  

  圖4.Arraystar公司人SE-lncRNA芯片内容。

  
  

  小鼠SE-lncRNA芯片参数

  探针总数	14637
  探针长度	60 nt
  探针挑选策略	挑选针对SE-lncRNA特异外显子或剪接位点的探针
  探针特异性	转录本特异性
  标记方法	使用高效的线性扩增方法来产生荧光标记的cRNA，灵敏检测低拷贝转录本
  SE-lncRNAs检测数目	8222
  SE-lncRNAs靶基因检测数目	6385
  SE-lncRNAs来源	从Arraystar专有的转录组数据库挑选“金标准”lncRNA和可靠性高的lncRNA，然后与dbSUPER数据库中的超级增强子区域进行匹配。与超级增强子区域重叠的lncRNA被鉴定为SE-lncRNA。
  SE-lncRNA靶基因来源	与SE-lncRNA基因组位置重叠或在其转录起始位点50 Kb以内的Refseq基因被收集为SE-lncRNA靶基因。这些基因还包含了来自TF checkpoint数据库中的2883个转录因子基因与来自SBCDDB数据库中的593个癌症相关基因。
  芯片规格	8 * 15K

  

  圖5.Arraystar公司小鼠SE-lncRNA芯片内容。

  
  

• 1.样品总RNA抽提

         若实验对象为组织样品，取适量（50-100mg）新鲜组织样品或正确保存的组织样品，加1ml的RNA抽提试剂Trizol（Invitrogen），匀浆后抽提RNA。
         若实验对象为细胞样品，每份样品取1×106~1×107细胞，完全吸去培养液后加1ml的RNA抽提试剂Trizol（Invitrogen），裂解后抽提RNA。
  2. RNA质量检测
         使用Nanodrop测定RNA在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值，以计算浓度并评估纯度。

         使用甲醛变性琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度及完整性
  3. cDNA样品合成和cRNA标记
  4.标记效率质量检测
         使用Nanodrop检测荧光标记效率，以保证后续芯片实验结果的可靠性。
  5.芯片杂交
         在标准条件下将标记好的探针和高密度芯片进行杂交。
  6.图像采集和数据分析
         使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度，并将实验结果转换成数字型数据保存，使用配套软件对原始数据进行分析运算。
  7.提供实验报告
         芯片扫描图
         实验方法中英文报告
         RNA质检报告
         芯片数据结果报告，包括差异表达SE-LncRNA列表，差异表达基因列表