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    tsRNA(tRF&tiRNA)测序

    • 簡介
    • 技術難點與挑戰
    • 技術特點
    • 結果展示
    •       tRFs和tiRNAs是tRNA及其前体通过精确调控的加工过程产生的,作为小非编码RNA行使多种生理功能,与诸多生理病理过程相关(图1)。据报道,tRFs&tiRNAs能够以microRNA的方式参与RNA干扰;结合蛋白因子并调节目标mRNA的稳定性;与细胞色素C互作,调控细胞凋亡;改变胚胎转录级联调控,作为父本表观遗传因子介导代谢疾病遗传;多种应激条件下促进应激颗粒的组装。

            tRF&tiRNAs的组成和数量高度依赖于具体的细胞类型和病理状况,使得它们成为一类优质的生物标志物[1]。例如,tRFs&tiRN-As之间的比例关系能够作为癌症存活期指标和潜在的诊断标志物[2]。同时,相比其他microRNA,tRNA和tRFs&tiRNAs类群广泛富集于各种生物体液中[3-4]


       

      圖1. tRFs&tiRNAs功能及相关疾病

      Aksomics(给我免费播放片高清在线观看生物)tRF&tiRNA测序服务提供从样品到数据的全套解决方案。根据我们tRF&tiRNA测序和表达谱分析中得到的丰富信息,按照tRF&tiRNA:为什么以及如何研究它们?中提供的方法及應用,科研工作者们能够更便捷地推进他们在这个新兴领域的研究工作。


      参考文献 

      1. Telonis A.G. et al. (2015) "Dissecting tRNA-derived fragment complexities using  personalized transcriptomes reveals novel fragment classes and unexpected dependencies." Oncotarget 6(28):24797-822 [PMID: 26325506]

      2. Olvedy M. et al. (2016) "A comprehensive repertoire of tRNA-derived fragments in prostate cancer." Oncotarget [PMID: 27015120]

      3. Schageman J. et al. (2013) "The complete exosome workflow solution: from isolation to characterization of RNA cargo." Biomed Res Int 2013:253957[PMID:24205503]

      4. Dhahbi J.M. et al. (2013) "5' tRNA halves are present as abundant complexes in serum, concentrated in blood cells, and modulated by aging and calorie restriction." BMC Genomics 14:298 [PMID: 23638709]





    • tsRNAs的序列上存在多种修饰,使其不适于直接进行standard small RNA-seq。丰富的碱基修饰会严重阻碍反转录的进行,而多种特异末端修饰使其不能与接头连接。为了得到更为精准的tsRNAs表達譜,给我免费播放片高清在线观看生物tsRNAs測序服務包含了由Arraystar開發的建庫前期處理流程。

      圖釋:完善的前處理方案,保证tsRNAs能被準確檢測

      完善的前處理顯著提高tsRNAs檢測準確性


      圖釋:不同類型tiRNAtRFreads比例統計,红:不做预处理   藍:做预处理



    • 1、完善的前處理方案:針對tsRNAs丰富的碱基修饰及末端修饰,开发了专门的去甲基化处理与末端修饰处理方案(脱氨基、去磷酸化、末端磷酸化).

        前期處理:   脫氨基——去除3’端氨基酸

      去磷酸化——将3’端环磷酸处理成羟基

      末端磷酸化——将5’端羟基磷酸化

      去甲基化——去除m1A、m3C、m1G等甲基化修饰,防止反转录中断


      圖釋: tsRNAs测序操作流程图

      2、Arraystar獨家授權的測序分析系統:给我免费播放片高清在线观看生物使用Arraystar独家授权的”tsRNAs Analysis System”进行分析,包括:基于tRNA拓扑结构和统计显著性的精准注释与分类系统;全面的tsRNAs数据库信息;tsRNAs专注的生物信息学与统计学分析。

      3、免費贈送microRNA表達及差異分析:tsRNAs测序的文库切胶范围覆盖microRNA,给我免费播放片高清在线观看生物将免费提供microRNA的表达和差异分析。一次测序,两套结果,满足客户对tRF、tiRNA及microRNA的表达研究需求。

      4、無縫鏈接tRNA系列服務:tsRNAs-seq可以联合应用给我免费播放片高清在线观看提供的tRNA-seq、tsRNAs PCR array及tRNA PCR array技术服务,深入挖掘tRFs , tiRNAs及tRNAs在生命科学及医学中的功能作用


    • 基礎分析

      高級分析

      測序序列質量評估

      數據預處理

      基因組比對

      tsRNAs註釋

      tsRNAs表達及差異分析

      microRNA表達譜及差異分析

      tsRNAs靶基因預測



      基礎數據分析展示

      tsRNAs差異表達分析 Arraystar独家授权的”tsRNAs Analysis System”分析tsRNAs表达谱和表达变化。同时,通过热图、散点图、火山图、Venn分析及PCA 分析等统更加清晰明确地展示样本之间的差异性。

      圖釋:表達及差異分析數據表

      特色數據分析展示(包含于标准报告中,不另外收费)


      不同類型tsRNAs表達量統計:依據比對到tRNA位置的不同,可以将tsRNAs分成多种类型。不同种类tsRNAs之间,其产生及作用机制可能存在差异,因此了解不同种类tsRNAs的表达情况对于后续研究具有很好的指引作用。

      圖釋:不同類型tsRNAs表达量统计