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單細胞測序技術服務 單細胞全轉錄組測序 |
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NGS测序技术服务 DRIP-seq |
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基因芯片技術服務 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
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基因芯片技術服務 DNA甲基化芯片 DNA羟甲基化芯片 ChIP-chip |
NGS测序技术服务 DNA甲酰基胞嘧啶(5fc)修饰测序 DNA 5hmC 测序（化学法） DNA甲基化测序 DNA羟甲基化测序 染色質免疫共沉澱測序 |
PCR技术服务 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
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蛋白相對定量 TMT标记定量技术 非標定量技術 |
蛋白修飾 TMT标记定量磷酸化 非標定量磷酸化 |
RNA/蛋白-蛋白相互作用 RNA-蛋白相互作用 蛋白-蛋白相互作用 |
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背景介紹：
单细胞转录组测序（Single-cell RNA Sequencing, scRNA-seq）是指在单细胞水平上进行高通量RNA测序的一种新技术，可以解决混杂样本测序（bulk RNA seq）所无法得到的细胞异质性信息。
临床组织是各种细胞的混合物，以肿瘤为例，肿瘤中心细胞，边缘细胞和远端转移细胞的细胞类型及转录组存在差异。传统的bulk RNA-seq提取组织或一群细胞的混合RNA进行测序，得到所有细胞的平均基因表达，掩盖了单个细胞的表达特异性，而scRNA-seq能够有效解决细胞异质性问题，通过检测单个细胞的表达谱，鉴定细胞类群，深入研究肿瘤转移侵袭、瘤内异质性、微环境重编程和耐药，近几年来已广泛应用于肿瘤，免疫，生长，发育等生物研究领域。
實驗平臺和原理
引入颇受行业内认可的BD RhapsodyTM單細胞分析系統，可快速平行分析成千上万个单细胞内数千基因的表达水平。该系统利用微孔法进行单细胞的分离和标记，一张微孔板上有不少于20万的特定大小微孔，每一个微孔可捕获一个细胞并装载一个磁珠，之后使用配套试剂盒进行细胞裂解、cDNA合成和文库构建。
實驗流程圖
樣品類型：組織100-200mg，单细胞悬液细胞数目不少于1×105個；
質控要求：活細胞比例一般不低於65%；
1.细胞聚类及细胞类群鉴定
基于无监督算法，对所有细胞进行聚类分析，并通过不同细胞特异性marker基因进行细胞类型鉴定，使用t-SNE降维算法进行绘图展示，图中每个点代表一个细胞，相同颜色为一个细胞类群，从而将肿瘤细胞与其它细胞分开，分别进行差异基因表达分析。
2.特定细胞类群的差异表达火山图
对各细胞类型筛选得到的差异表达基因进行火山图展示，下图为肿瘤细胞类群单独进行差异表达分析的火山图，从而可以针对肿瘤细胞的差异基因进行功能分析。
3.特定细胞类群的GSVA分析
对肿瘤细胞类群进行GSVA分析的差异通路条形图。横坐标为GSVA分数的t值，表示各通路基因集在不同分组的表达差异度。纵坐标为差异通路，可以选择肿瘤细胞通路的差异基因，在肿瘤细胞系进行功能机制研究。
4.各细胞类型sub-cluster分析
基于前面所有细胞的分类结果，我们对每个细胞类群分别进行sub-cluster再分类，例如对肿瘤细胞的sub-cluster t-SNE及sub-GSVA分析，获得特异性聚集到肿瘤高增殖和侵袭通路的亚群，可以指导用药。
