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單細胞測序技術服務 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 單細胞全轉錄組測序 |
生物分子凝聚體研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 HyPro-seq/芯片 CHIRP-seq |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP-RNA seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 CoIP-MS/AP-MS |
NGS测序技术服务 DRIPc-seq |
NGS测序技术服务 環狀DNA测序 |
基因芯片技術服務 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表觀轉錄組學測序服務 RNA m6A甲基化测序(MeRIP Seq) |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR(MazF酶切法)技术服务 |
NGS测序技术服务 DNA(羟)甲基化测序(抗体法) DNA甲酰基胞嘧啶(5fc)修饰测序 DNA 5hmC 测序(化学法) 染色質免疫共沉澱測序 |
PCR技术服务 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
Ribo-seq Ribo seq |
核糖體-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC联合mRNA-seq |
超级增强子lncRNA(SE-lncRNA)一般具有稳定性差、半衰期短的特点。它们能以极低的拷贝数发挥顺式作用,激活靶基因的表达。比如,SE-lncRNA HOTTIP可激活HOXA基因簇,其在细胞中的平均拷贝数少于1。
为了精确地检测这些瞬时、低水平的SE-lncRNA,Arraystar科学家开发了一套高效的线性扩增方法,能够为多聚腺苷化或非多聚腺苷化的转录本产生足量的荧光标记cRNA。在此过程中,将分别携带有T7聚合酶启动子序列的oligo(dT)和随机引物以优化后的比例进行混合,作为反转引物合成cDNA第一链,随后进行双链cDNA合成与PCR扩增。最后,由T7 RNA聚合酶进行体外转录,合成带有Cy3或Cy5标记的cRNA(下图)。
该标记方法极大的增加了低丰度或降解RNA分子的cRNA产物,比传统方法提高了100多倍。
圖釋:Arraystar公司SE-lncRNA芯片cRNA标记流程。(1) cDNA第一链合成与5’接头退火。 以携带有T7聚合酶启动子序列的oligo(dT)和随机引物混合物为反转引物,合成cDNA第一链,并与5’接头退火,合成cDNA第二链。(2) PCR扩增。使用RT引物和5’接头序列对双链cDNA进行低循环数的PCR扩增。(3)体外转录和标记反义RNA (aRNA)。以Cy3或Cy5标记的核苷酸为底物,双链cDNA为模板,使用T7 RNA聚合酶进行体外转录,合成带有荧光标记的反义RNA。线性扩增保留了原始转录本的相对水平和完整序列,且无3’偏好性。
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