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單細胞測序技術服務 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 單細胞全轉錄組測序 |
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生物分子凝聚體研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 HyPro-seq/芯片 CHIRP-seq |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP-RNA seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 RIME MS CoIP-MS |
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NGS测序技术服务 R-loop 测序分析服务 |
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NGS测序技术服务 環狀DNA测序 |
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基因芯片技術服務 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表觀轉錄組學測序服務 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
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Ribo-seq Ribo seq |
核糖體-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC联合mRNA-seq |
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蛋白表達定量 Label free非标定量技术 TMT标记定量技术 PRM靶向定量 |
相關服務
單細胞全轉錄組測序 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 lncRNA芯片 超級增強子lncRNA芯片相關產品
相關資源
長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是一类长度大于200nt，没有蛋白质编码能力，或只能编码短肽的RNA分子。在过去的几十年中，研究者们逐渐认识到lncRNA的重要性，发现lncRNA在細胞分化、生长发育、免疫应答、基因转录调控、RNA加工修飾等方面具有重要的調節作用[1-4]。然而，由于lncRNA的丰度普遍較低，一般只有mRNA的十分之一左右[5]。传统的测序技术包括单细胞测序技术在低丰度转录本（比如lncRNA）的检测上存在灵敏度不高和检测不准确等问题，在测序建库过程中，对低丰度的转录本进行特异性的靶向扩增，则可以实现对这些转录本更灵敏、更准确的检测。为此，我们设计了针对lncRNA的靶向panel，包含315個和148個已報道的，与人或小鼠生物学功能或疾病相关的功能性lncRNA。在单细胞测序建库过程中，使用lncRNA靶向panel對功能性lncRNA分子進行多重PCR擴增，极大的提高了lncRNA的檢測靈敏度和準確性，使得在单细胞水平分析低丰度、功能性lncRNA表達情況成爲可能。此外，如果您有其它感兴趣的lncRNA或mRNA，我司为您提供个性化panel定製服務，可以为您设计特异性强的靶向扩增引物，与靶向lncRNA panel一起完成靶向擴增過程。
引入頗受行業內認可的BD RhapsodyTM單細胞分析系統，可快速平行分析成千上万个单细胞内数千基因的表达水平。该系统利用微孔法进行单细胞的分离和标记，一张微孔板上有不少于20萬的特定大小微孔，每一个微孔可捕获一个细胞并装载一个磁珠，之后进行细胞裂解、cDNA合成、靶向lncRNA擴增和文庫構建。
圖1. 靶向lncRNA單細胞測序流程圖。
圖2. 靶向lncRNA擴增流程與文庫構建。
參考文獻
1、Fatica A, Bozzoni I: Long non-coding RNAs: new players in cell differentiation and development. Nat Rev Genet 2014, 15(1):7-21.[PMID: 24296535]
2、Chen YG, Satpathy AT, Chang HY: Gene regulation in the immune system by long noncoding RNAs. Nat Immunol 2017, 18(9):962-972.[PMID: 28829444]
3、Statello L, Guo CJ, Chen LL, Huarte M: Gene regulation by long non-coding RNAs and its biological functions. Nat Rev Mol Cell Biol 2021, 22(2):96-118.[PMID: 33353982]
4、Herman AB, Tsitsipatis D, Gorospe M: Integrated lncRNA function upon genomic and epigenomic regulation. Mol Cell 2022, 82(12):2252-2266.[PMID: 35714586]
5、Liu SJ et al: Single-cell analysis of long non-coding RNAs in the developing human neocortex. Genome Biol 2016, 17:67.[PMID: 27081004]
靈敏度高：對低丰度、功能性lncRNA進行更靈敏、更准确的检测
準備工作簡單：客戶只需浸沒組織樣本或提供單細胞懸液寄到我司即可
極高的捕獲率：充分利用實驗樣本並獲取有效實驗數據
既包括常規scRNA-seq的檢測分析，又包含靶向lncRNA或任何關注的RNA的檢測分析
提供完整和個性化的數據分析方案
樣品類型：組織100-200mg，单细胞悬液细胞数目不少于1×105個；
質控要求：活細胞比例一般不低於65%；
樣品保存和運輸：浸沒組織0-4℃保存，冰袋运输；单细胞悬液-80℃保存，干冰运输；
其他詳見《给我免费播放片高清在线观看生物|數譜生物單細胞測序預處理指南》。
1、细胞类群/亞羣鑑定t-SNE圖
2、細胞類羣/亞羣marker mRNA或靶向lncRNA分佈圖
3、細胞類羣/亞羣marker mRNA或靶向lncRNA小提琴圖
4、靶向lncRNA在不同細胞類型裏的表達量
5、靶向lncRNA在不同細胞類型裏的富集度
