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單細胞測序技術服務 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 單細胞全轉錄組測序 |
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生物分子凝聚體研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 HyPro-seq/芯片 CHIRP-seq |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP-RNA seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 CoIP-MS/AP-MS |
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NGS测序技术服务 DRIPc-seq |
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NGS测序技术服务 環狀DNA测序 |
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基因芯片技術服務 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表觀轉錄組學測序服務 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
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NGS测序技术服务 DNA（羟）甲基化测序（抗体法） DNA甲酰基胞嘧啶(5fc)修饰测序 DNA 5hmC 测序（化学法） 染色質免疫共沉澱測序 |
PCR技术服务 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
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Ribo-seq Ribo seq |
核糖體-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC联合mRNA-seq |
1. SE-lncRNA芯片收录策略
- 收集整理了Refseq, UCSC knownGene, GENCODE, lncRNAdb, RNAdb, NRED和lncRNA Catalogs等权威数据库中的lncRNA
- 收集了注释完善、经过实验验证和有Pubmed索引的“金标准”lncRNA
- 收集了权威期刊上新出现的lncRNA
圖1.Arraystar SE-lncRNA芯片内容收集流程图。
2. SE-lncRNA芯片Database
| 芯片 |
Arraystar人 SE-lncRNA Microarray |
Arraystar小鼠 SE-lncRNA Microarray |
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探針總數 |
14873 |
14637 |
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探針長度 |
60 nt |
60 nt |
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探針特異性 |
转录本特异性探针，针对SE-lncRNA特异外显子或剪接位点设计 |
转录本特异性探针，针对SE-lncRNA特异外显子或剪接位点设计 |
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SE-lncRNAs& Super-lncRNAs 檢測數目 |
7753 |
8222 |
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SE-lncRNAs靶基因检测数目 |
7040 |
6385 |
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SE-lncRNAs来源 |
- 从Arraystar专有的转录组数据库挑选“金标准”lncRNA和可靠性高的lncRNA，然后与dbSUPER数据库中的超级增强子区域进行匹配。与超级增强子区域重叠的lncRNA被鉴定为SE-lncRNA。 - 从文献收集增强子lncRNA，若该增强子位于超级增强子区，则被认为是SE-lncRNA。 |
从Arraystar专有的转录组数据库挑选“金标准”lncRNA和可靠性高的lncRNA，然后与dbSUPER数据库中的超级增强子区域进行匹配。与超级增强子区域重叠的lncRNA被鉴定为SE-lncRNA。 |
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Super-lncRNAs来源 |
Super-lncRNA是指与超级增强子区域形成RNA:DNA:DNA三螺旋的lncRNA，可招募调控因子至超级增强子区，从而影响染色体结构，并作为空间放大器，促进超级增强子相关的组织特异性基因表达。 |
- |
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SE-lncRNAs靶基因来源 |
与SE-lncRNA基因组位置重叠或在其转录起始位点50 Kb以内的Refseq基因被收集为SE-lncRNA靶基因。此外还包含了来自TF checkpoint数据库中的3153个转录因子基因与来自Bushman Lab数据库中的1448个癌症相关基因。 |
与SE-lncRNA基因组位置重叠或在其转录起始位点50 Kb以内的Refseq基因被收集为SE-lncRNA靶基因。此外还包含了来自TF checkpoint数据库中的2883个转录因子基因与来自SBCDDB数据库中的593个癌症相关基因。 |
圖2.Arraystar公司Human SE-lncRNA芯片内容。
圖3.Arraystar公司Mouse SE-lncRNA芯片内容。
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