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單細胞測序技術服務 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 單細胞全轉錄組測序 |
生物分子凝聚體研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 HyPro-seq/芯片 CHIRP-seq |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP-RNA seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 CoIP-MS/AP-MS |
NGS测序技术服务 DRIPc-seq |
NGS测序技术服务 環狀DNA测序 |
基因芯片技術服務 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表觀轉錄組學測序服務 RNA m6A甲基化测序(MeRIP Seq) |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR(MazF酶切法)技术服务 |
NGS测序技术服务 DNA(羟)甲基化测序(抗体法) DNA甲酰基胞嘧啶(5fc)修饰测序 DNA 5hmC 测序(化学法) 染色質免疫共沉澱測序 |
PCR技术服务 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
Ribo-seq Ribo seq |
核糖體-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC联合mRNA-seq |
与具有详尽注释的蛋白编码基因不同, lncRNAs常常缺乏注释,信息分散且收集不全。Arraystar拥有高质量的转录组和lncRNA数据库,通过生物信息学方法建立了科学、严谨的lncRNA筛选流程。 Arraystar人类LncRNA V4.0芯片共收录了40,173 个lncRNAs,主要分为两大类:7,506个金标准LncRNAs和32,667个可靠的LncRNAs,实现了对所有权威数据库(如Refseq, USCS Known Genes, GENCODE, lincRNA catalogs, lncRNAdb, T-UCRs, RNAdb, NRED 等)、高水平文章和超过47 Tb RNA-seq数据中的lncRNA全面、可靠和及时的整理和收集。
金標準lncRNAs
金标准lncRNAs全部采用经过详细注释和实验验证确定的lncRNAs,剔除了公共数据库中大量的lncRNA部分片段、不完整的UTRs和不可靠的lncRNAs。金标准lncRNAs具有完善的信息标注,包括转录单位、转录本异构体、功能机制以及亚细胞定位。它们的主要来源如下:
•lncRNAdb v2.0汇集了功能性 lncRNAs [1];
•Arraystar 筛选和收集了高水平文章中的lncRNA;
•Level 1 GENCODE v21 精心挑选了具有RT-PCR-seq方面实验数据支持的LncRNAs [2];
•Refseq 严格筛选了可信度高、具有全长序列的LncRNAs ;
•Arraystar 通过ENCODE CAGE Clusters,,PolyA-seq,深度RNA-Seq以及capture seq获得的,具有5’TSS、3’末端和表达量信息的全部lncRNA转录本 [3, 4]。
可靠的lncRNAs
除了金标准lncRNA外,其他的 lncRNA序列主要通过整合数据库和经典文献中的转录单位(Transcription Units)而获得。DNA链的转录起始于DNA模板的一个特殊起点,并在一个终点处终止,此转录区域称为转录单位。根据转录本长度、来源数据库和其他有效信息,每个转录单位挑选一个具有代表性的lncRNA进行检测。最终从308,525个lncRNA序列中筛选出32,667个可靠的 LncRNAs分子。
相關服務
nrStarTM Human Functional LncRNA PCR芯片技术服务
參考文獻
1. Quek X.C. et al. (2015) Nucleic Acids Res. 43(Database issue):D168-73 [PMID: 25332394]
2. Howald C. et al. (2012) Genome Res. 22(9):1698-710 [PMID: 22955982]
3. Clark M.B. et al. (2015) Nat. Methods 12(4):339-42 [PMID: 25751143]
4. Iyer M.K. et al. (2015) Nat. Genet. 47(3):199-208 [PMID: 25599403]