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單細胞測序技術服務 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 單細胞全轉錄組測序 |
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生物分子凝聚體研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 HyPro-seq/芯片 CHIRP-seq |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP-RNA seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 CoIP-MS/AP-MS |
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NGS测序技术服务 DRIPc-seq |
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NGS测序技术服务 環狀DNA测序 |
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基因芯片技術服務 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表觀轉錄組學測序服務 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
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NGS测序技术服务 DNA（羟）甲基化测序（抗体法） DNA甲酰基胞嘧啶(5fc)修饰测序 DNA 5hmC 测序（化学法） 染色質免疫共沉澱測序 |
PCR技术服务 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
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Ribo-seq Ribo seq |
核糖體-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC联合mRNA-seq |
與具有詳盡註釋的蛋白編碼基因不同， lncRNAs常常缺乏注释，信息分散且收集不全。例如，大部分被报道的lncRNA 通过短reads装配而成并且一般都缺乏完整的5’末端或3’末端。通常情况下，由于RNA降解或逆转录酶从3’末端方向合成DNA，致使cDNA文库5’末端的截短。此外，RNA-seq reads在5’末端或3’末端覆盖度不均一。这些不精确或者截短的lncRNA注释会对其下游应用产生巨大的影响，比如把mRNA片段误认作lncRNA，降低FRKM评估转录本丰度的可靠性，以及错判lncRNA的启动子位置。
Arraystar拥有高质量的转录组和lncRNA数据库，对各种来源的lncRNA进行了全面收集，包括所有权威数据库、高水平文章以及通过自有收集流程所得到的lncRNA。在芯片lncRNA收录过程中，对全长lncRNA给予了特别关注。比如，优先选择公共数据库中注释为全长或有实验数据支持的lncRNA。通过强有力的已知数据，对Arraystar转录组数据库以及新近研究进展中的lncRNA进行了严谨的序列完整性评估，包含是否有组蛋白标记，CAGE簇和DNA酶I超敏位点（DHS）等数据支持的5’末端，poly(A)位点测序（3P-Seq）数据支持的3’末端。另外，Arraystar还使用多种方法对lncRNA的编码潜能进行了评估，只有通过以上评估的lncRNA才会被标记为全长lncRNA，并被收录进芯片（图1）
圖1：從各種來源對全長lncRNA進行了全面強化地收集。
Arraystar人類LncRNA V5.0芯片共收錄了39,317個lncRNAs，主要分为两大类：8,393個金標準LncRNAs和30,924個可靠的LncRNAs。
金標準lncRNAs
金標準lncRNAs全部采用经过详细注释和实验验证确定的lncRNAs，剔除了公共数据库中大量的lncRNA部分片段、不完整的UTRs和不可靠的lncRNAs。金标准lncRNAs具有完善的信息标注，包括转录单位、转录本异构体、功能机制以及亚细胞定位。它们的主要来源如下：
•lncRNAdb v2.0 汇集了功能性的lncRNAs [1];
•LncRNAWiki 收录的经过实验验证的特色lncRNAs;
•Level 1 GENCODE v21 LncRNAs精选了具有 RT-PCR-Seq 方面实验数据支持的lncRNAs [2];
•Refseq 严格筛选了可信度高，具有全长序列的lncRNAs;
•Arraystar lncRNA通过 ENCODE CAGE Clusters, PolyA-seq, 深度 RNA-Seq以及 capture seq获得的，具有5’TSS,3’末端和表达量信息的全部lncRNA转录本 [3, 4].
•Arraystar 保持严格评估lncRNA完整转录本的一贯性原则，持续从高水平文章中精选lncRNA
· 可靠的lncRNAs
这些lncRNAs序列通常由转录单位而获得，是除了金标准lncRNAs外，lncRNAs轉錄組中全面且高度可信的lncRNAs分子集合。根据转录本来源数据库，转录本长度和其他有效信息，从每个转录单位中挑选出一个具代表性的lncRNA，最终从308525個lncRNA序列中筛选出32667個可靠的lncRNAs分子。
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