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單細胞測序技術服務 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 單細胞全轉錄組測序 |
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生物分子凝聚體研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 HyPro-seq/芯片 CHIRP-seq |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP-RNA seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 CoIP-MS/AP-MS |
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NGS测序技术服务 DRIPc-seq |
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NGS测序技术服务 環狀DNA测序 |
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基因芯片技術服務 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表觀轉錄組學測序服務 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
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NGS测序技术服务 DNA（羟）甲基化测序（抗体法） DNA甲酰基胞嘧啶(5fc)修饰测序 DNA 5hmC 测序（化学法） 染色質免疫共沉澱測序 |
PCR技术服务 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
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Ribo-seq Ribo seq |
核糖體-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC联合mRNA-seq |
已有研究表明，Small RNA被不同化學基團所修飾，这些化学基团一方面能够调控small RNA的活性，另一方面也可以赋予它们新的功能。已知这些RNA修飾通過多種分子機制來發揮功能，如RNA修飾可以改變miRNA的靶向性或改變tsRNA（tRF&tiRNA）與RNA結合蛋白的親和力，进而发挥生物活性等。Small RNA修飾譜分析是表觀轉錄組學研究的新前沿，具有重要的科学意义和临床价值。
miRNA種子區(第2-8位鹼基)的修飾可以改變miRNA抑制的靶基因。例如，O8G修飾的miR-184會發生重定向，进而特异性的靶向到原本序列不匹配的Bcl-xL和Bcl-w，并抑制其翻译(圖1)[1]。在另一个案例中，在使用肾上腺素能激动剂处理后，O8G修飾增多的miR-1重定向到一羣在心肌肥大通路中起作用的新靶點[2]。事实上，在病理条件下，对miRNAs的O8G修飾是一種普遍的表觀轉錄機制，是ROS微調基因表達的氧化還原信號通路的一部分[2, 3]。
圖1、 O8G修飾的miR-184重定向到不匹配的Bcl-xL和Bcl-w mRNA從而發揮靶向功能，抑制相应抗凋亡蛋白的翻译，从而导致心脏对心肌缺血/再灌注(I/R)損傷的敏感性增強。
修飾small RNA可以誘捕RNA結合蛋白(RBP)，从而抑制RBP與靶mRNA的結合，通过这种修饰依赖的方式调控基因表达。例如，tsRNA上的5 '端寡聚鳥嘌呤(TOG)，在其8號位鹼基處可以是未修飾的尿苷(U8)，或者是被PUS7修飾的假尿苷(Ψ8)。U8/Ψ8狀態決定了其與作爲翻譯起始因子的聚腺苷酸結合蛋白1 (PABPC1)的不同結合親和力。Ψ8-TOG-5’tsRNAs與PABPC1結合更緊密，将其从mRNA上取代下來，从而抑制对应mRNA的翻譯，而U8-TOG-5’ tsRNAs則沒有這種能力（图2）[4]。
圖2、 8號位鹼基帶有Ψ修飾的5'TOG-tsRNAs誘捕並使PABPC1從翻譯起始複合物中脫離，从而抑制带帽mRNA的翻譯[4]。
[1] Wang, J. X., et al. (2015) "Oxidative Modification of miR-184 Enables It to Target Bcl-xL and Bcl-w" Mol Cell 59(1):50-61 [PMID: 26028536]
[2] Seok, H., et al. (2020) "Position-specific oxidation of miR-1 encodes cardiac hypertrophy" Nature 584(7820):279-285 [PMID: 32760005]
[3] Seok, H., et al. (2016) "MicroRNA Target Recognition: Insights from Transcriptome-Wide Non-Canonical Interactions" Mol Cells 39(5):375-81 [PMID: 27117456]
[4] Guzzi, N., et al. (2018) "Pseudouridylation of tRNA-Derived Fragments Steers Translational Control in Stem Cells" Cell 173(5):1204-1216 e26 [PMID: 29628141]
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