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單細胞測序技術服務 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 單細胞全轉錄組測序 |
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生物分子凝聚體研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 HyPro-seq/芯片 CHIRP-seq |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP-RNA seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 CoIP-MS/AP-MS |
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NGS测序技术服务 DRIPc-seq |
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NGS测序技术服务 環狀DNA测序 |
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基因芯片技術服務 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表觀轉錄組學測序服務 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
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NGS测序技术服务 DNA（羟）甲基化测序（抗体法） DNA甲酰基胞嘧啶(5fc)修饰测序 DNA 5hmC 测序（化学法） 染色質免疫共沉澱測序 |
PCR技术服务 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
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Ribo-seq Ribo seq |
核糖體-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC联合mRNA-seq |
定性及定量分析small RNA修飾是研究越來越重要的small RNA表觀轉錄組學的關鍵步驟。然而，直到最近，相关的方法学与技术手段还是较为贫乏，仅具有有限的分析能力。随着以微阵列技术为基础的方法创新，高通量、高灵敏度、高准确性和具有计算修饰化学计量能力的small RNA譜分析現在可用於生物和臨牀研究實驗室，以推进small RNA表觀轉錄組學的新研究和相關臨牀應用。
雖然測序已被用於small RNA表達分析，但是RNA上的修飾對測序定量的影響目前其實被很大程度的忽略了。事实上，各种的RNA修飾，如m1A、m3C、m1G等，在测序文库构建过程中会干扰逆转录反应，从而对small RNA，特别是对small RNA修飾的精確定量造成很大的干擾。例如，small RNA-seq結果大多偏向於檢測到18-nt的3 '-tsRNA，而不是通过northern blot觀察到的更主要的22-nt亞型。这是由于在TUC環上的m1A修飾阻礙了逆轉錄過程的進行。由于大多数small RNA測序數據是通過上述文庫構建方法獲得的。因此，这些数据可能会对small RNA修飾研究造成誤導。
此外，通过small RNA-seq進行的small RNA分析需要經過多個PCR擴增步驟，这会导致测序结果显著的定量偏差以及不准确性，因此需要使用独立的、正交的方法进行相关研究。
在實踐中，大多数基于测序的修饰研究方法需要大量的实验材料(> 100 µg總RNA)，这使得许多只能获取有限样本量的实验无法开展。
更進一步的問題在於，small RNA-seq通常使用RPM（每百万Reads中來源於某一基因reads數）这一指标进行标准化，并以此表示样本中的相对RNA丰度。然而，RPM取決於樣本中small RNA類羣整體的組成情況。单个small RNA的RPM變化會改變所有其他small RNA的RPM值，即使它们实际的绝对表达水平没有改变。
綜上所述，爲了在高靈敏度、準確化學計量的標準下鑑定和量化修飾small RNA譜，有必要開發測序非依賴的方法以克服基於測序方法的這些侷限性。
Arraystar small RNA修飾芯片技術(圖1)結合了small RNA定量芯片以及RNA免疫沉澱技術（RIP），通过对同一微阵列上带有修饰以及不带修饰的small RNA水平進行同時檢測，为研究包括miRNA，pre-miRNA，tsRNAs（tRF以及tiRNA）在内的small RNA修饰的调控作用提供了重要信息。
圖1. Arraystar small RNA修飾芯片鑑定和定量small RNA轉錄後修飾，检测的修饰包括O8G、m7G、m6A、Ψ和m5C等。其原理主要是使用特异性抗体免疫沉淀富集修饰small RNA，然后使用Arraystar small RNA修飾芯片對其進行鑑定和定量。
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