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    CNS新热点:R-Loop 转录调控的主动参与者!

    CNS新熱點:R-Loop 轉錄調控的主動參與者!

          —— 全新推出DRIP-Seq,把握R-Loop研究的新方向!


    R -loop是由轉錄的RNA链与打开的双链DNA其中一条链发生碱基互补配对,形成RNA-DNA杂合链,同时使未配对的另一条DNA鏈遊離在外組成的三方結構。R -loop分佈廣泛,占哺乳动物基因组的 5%,经常出现在基因组的启动子CGI和轉錄終止位點。已有研究表明,R -loop在調節基因表達、DNA 複製以及 DNA 和組蛋白修飾等方面均發揮着重要作用,具有重要的生物学功能。


    Nat Genetics (IF 38.33): Antisense lncRNA通過形成R-loop影響coding RNA轉錄

    Antisense lncRNA是與coding RNA轉錄方向相反轉錄位置部分重合的長鏈非編碼RNA,通常可以顺式调控临近coding RNA的轉錄2019Nature Genetics發表的文章發現,antisense lncRNA TARID通過形成R-loop影響臨近coding RNA TCF21啓動子去甲基化進而調控TCF21表達和癌症進程

    TCF21是與一種抑癌基因,在多种癌症中表达下调它具有頭對頭反義lncRNA TARID(TCF21 antisense RNA inducing demethylation)TARID轉錄過程會TCF21启动子附近形成R-loop,被R-loop識別蛋白GADD45a結合GADD45a進而招募去甲基化酶TET1促進DNA去甲基化來增強TCF21轉錄影響細胞週期

     

    Antisense lncRNA TARID通過形成R-loop調控TCF21啓動子DNA去甲基化及轉錄

     


    DRIP-seq全新發布!

    DRIP-seqDNA:RNA hybrid immunoprecipitation and sequencing利用特異性識別DNA:RNA雜合鏈的S9.6抗体对包含R-loop結構的 DNA 鏈進行富集後續通過DNA測序來實現 R-loop分析,侧重于通过NGS在基因組水平上檢測R-loops結構的分佈,并通过生物信息学分析在不同的领域从中挖掘出更多有用的信息。

     

    DRIP-seq優勢

    嚴格的質控體系:設置陰性對照組和陽參,以控制文库质量。

    穩定性高:實驗操作穩定性高,减少实验操作带来的误差。

    靈活度高:能夠直接對有基因組信息的物種進行R-loop测序。

    提供數據可視化,丰富的注释信息与文章发表级别的图谱