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單細胞測序技術服務 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 單細胞全轉錄組測序 |
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生物分子凝聚體研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 HyPro-seq/芯片 CHIRP-seq |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP-RNA seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 RIME MS CoIP-MS |
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NGS测序技术服务 R-loop 测序分析服务 |
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NGS测序技术服务 環狀DNA测序 |
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基因芯片技術服務 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表觀轉錄組學測序服務 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
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Ribo-seq Ribo seq |
核糖體-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC联合mRNA-seq |
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蛋白表達定量 Label free非标定量技术 TMT标记定量技术 PRM靶向定量 |
深圳大學醫學部翟日洪教授長期從事腫瘤早期診斷分子標記物及分子致病機理的相關研究，课题组采用tsRNA (tRF&tiRNA)-seq篩選發現AS-tDR-007333通過調控HSPB1/MED29和ELK4/MED29生物軸，促进非小细胞肺癌的恶性增殖。实验结果显示，AS-tDR-007333在非小細胞肺癌病人組織、血浆和细胞系中，表达量均明显上调。功能研究结果展示AS-tDR-007333可增強非小細胞肺癌的增殖和遷移能力。机制研究发现，AS-tDR-007333結合HSPB1蛋白，增强MED29啓動子區的H3K4me1和H3K27ac修飾，促进MED29表達；同时AS-tDR-007333激活轉錄因子ELK4，ELK4結合在MED29啓動子區，促进MED29表達。临床应用上，采用AS-tDR-007333抑制劑可顯著抑制非小細胞肺癌在體內的增殖。该研究成果于2022年發表在學術期刊Journal of Hematology & Oncology，IF :23.168（tsRNA-seq由给我免费播放片高清在线观看生物|數譜生物提供技術服務）。
研究背景
肺癌是世界上最常見的腫瘤類型之一，其中非小细胞肺癌（Non-small cell lung cancer，NSCLC）发病率在所有肺癌病例中占比高达85%。尽管在诊断和治疗方面取得了长足的进步，非小细胞肺癌患者的5年生存率仍不容樂觀。虽然发现很多原癌基因和抑癌基因参与非小细胞肺癌的发病过程，但其分子机制仍未得到完整的阐明。因此，仍有必要探索非小细胞肺癌未知的分子机制，发现非小细胞肺癌新的诊断和治疗靶点。
tsRNA，包括tRF和tiRNA，即tRNA來源的小片段（tRNA-derived fragments），是一类由tRNA特定位點切割產生的新型小非編碼RNA分子，根据切割位点可以分为tRF-5、tRF-3、tRF-2、tRF-1和tiRNA五種類型，长度为14-45nt。tsRNA可以通過結合mRNA 3’UTR區沉默基因表達，也可以与mRNA競爭結合RBP蛋白，调控mRNA功能，参与细胞增殖、迁移、侵袭等过程。
研究思路
文章着重於研究tRF&tiRNA在非小細胞肺癌中的主要功能和調控機制，作者运用tsRNA (tRF&tiRNA)-seq技術檢測了9對非小細胞肺癌患者術前術後的血漿樣本中tRF&tiRNA的表達水平，采用差异倍数≥2，且P值<0.05篩選出4個上調和4個下調的tRF&tiRNA分子。其中AS-tDR-007333尚未報道過，且RT-qPCR驗證在術前樣本中顯著上調。扩大样本量实验，采用非小细胞肺癌病人的血浆（n=29）和正常人血浆（n=45）进行验证发现，AS-tDR-007333在非小細胞肺癌患者中明顯上調，且具有良好的诊断价值。
功能研究發現，过表达AS-tDR-007333顯著促進細胞增殖，S期細胞增多，非小细胞肺癌迁移能力增强；敲低AS-tDR-007333抑制細胞增殖，S期細胞減少，细胞迁移能力减弱。
機制研究發現，AS-tDR-007333與HSPB1蛋白結合，影响MED29啓動子區的H3K4me1和H3K27ac修飾，上调MED29的表達；另一方面，AS-tDR-007333促進ELK4的表達，ELK4結合在MED29的啓動子區，促进MED29的轉錄。
技術路線
結果展示
圖1：术前和术后的NSCLC病人血漿中的tsRNA (tRF&tiRNA)表達譜發生明顯變化。
A 術前tsRNA (tRF&tiRNA)表達譜分類餅狀圖；
B 術後tsRNA (tRF&tiRNA)表達譜分類餅狀圖。
圖2：biomarker分析，AS-tDR-007333可以作爲良好的NSCLC診斷標誌物。
A tsRNA (tRF&tiRNA)-seq原樣本驗證AS-tDR-007333在術前病人血漿中明顯上調；
B 擴大樣本量驗證AS-tDR-007333在NSCLC病人血漿中明顯上調；
C ROC曲線分析證實AS-tDR-007333可以作爲良好的NSCLC診斷biomarker。
圖3：功能研究证实AS-tDR-007333促進NSCLC的增殖和遷移。
A過表達AS-tDR-007333促進PC9細胞增殖；
B 敲低AS-tDR-007333抑制PC9細胞增殖；
C 過表達AS-tDR-007333促進PC9細胞遷移；
D 敲低AS-tDR-007333抑制PC9細胞遷移。
圖4：机制研究1，AS-tDR-007333結合HSPB1促進MED29表達。
A RNA pulldown-MS證實AS-tDR-007333可結合HSPB1；
B RIP-PCR反向證實HSPB1可結合AS-tDR-007333；
C AS-tDR-007333與HSPB1結合的三維結構圖；
D 敲低HSPB1抑制H3K4me1和H3K27ac修飾；
E ChIP-PCR證實HSPB1通過調控H3K4me1和H3K27ac修飾影響MED29表達。
圖5：机制研究2，AS-tDR-007333促進ELK4表達影響MED29水平。
A 過表達AS-tDR-007333促進ELK4表達；
B ELK4結合MED29啓動子區促進MED29表達。
研究意義
本研究使用给我免费播放片高清在线观看生物tsRNA (tRF&tiRNA)-seq技術研究tRF&tiRNA在非小細胞肺癌病人的血漿樣本中的差異表達情況，发现术前和NSCLC病人中AS-tDR-007333的表達明顯升高，且具有良好的病理诊断价值。AS-tDR-007333可促進非小細胞肺癌的增殖和遷移，并调控细胞周期进程。文章不仅仅讨论了AS-tDR-007333對非小細胞肺癌的影響，也深入探讨了AS-tDR-007333通過結合組蛋白修飾酶HSPB1和調節轉錄因子ELK4的表達，上调MED29表達，且AS-tDR-007333能作爲良好的體內治療靶點，为NSCLC的治療提供了新的思路。
原文出處
https://jhoonline.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13045-022-01270-y
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