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單細胞測序技術服務 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 單細胞全轉錄組測序 |
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生物分子凝聚體研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 HyPro-seq/芯片 CHIRP-seq |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP-RNA seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 RIME MS CoIP-MS |
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NGS测序技术服务 R-loop 测序分析服务 |
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NGS测序技术服务 環狀DNA测序 |
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基因芯片技術服務 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表觀轉錄組學測序服務 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
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Ribo-seq Ribo seq |
核糖體-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC联合mRNA-seq |
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蛋白表達定量 Label free非标定量技术 TMT标记定量技术 PRM靶向定量 |
近期，東方肝膽醫院沈鋒教授發表名爲“Circular RNA ACTN4 promotes intrahepatic cholangiocarcinoma progression by recruiting YBX1 to initiate FZD7 transcription”的研究性論文。该论文应用Arraystar Human circRNA芯片發現，circACTN4在細胞核中招募YBX1，促进FZD7的轉錄，进而影响Wnt通路激活。在细胞质中，circACTN4通過ceRNA機制調控YAP1的表達，从而影响Hippo通路激活。通过这两个通路的共同作用，circACTN4能夠促進肝內膽管癌的發生發展。該研究成果於2021年9月發表在國際著名學術期刊《Journal of Hepatology》 (IF: 25.08)上。（環狀RNA芯片、CHIRP以及CHIP實驗由给我免费播放片高清在线观看生物丨数谱生物提供技术服务）
研究背景
肝內膽管癌作爲原發性肝癌的一種，其具有恶性程度高，患者生存时间短等特点。目前临床上关于该疾病的治疗手段有限，仅有少数患者能够通过肝脏切除进行有效治疗。因此，对于肝内胆管癌的发生机制研究具有非常重要的科研价值与临床意义。
環狀RNA（circRNA）是一类环形RNA分子，与线性分子相比，环状RNA的穩定性更高。环状RNA發揮功能的機制包括結合DNA來調控目的基因的轉錄，参与ceRNA調控機制，结合蛋白等，有研究表明，环状RNA能夠參與到多種腫瘤的發生發展過程中，在它们的发病过程中具有非常重要的作用。
研究思路
Arraystar Human circRNA芯片篩選
爲了研究影響肝內膽管癌（ICC）发生发展的相关因素。作者首先检测了ICC患者的癌組織以及癌旁組織，发现在癌组织中circACTN4水平有顯著上調。通过q-PCR以及臨牀大樣本驗證這一結果後，进一步发现circACTN4與ICC患者的不良預後相關。
CircACTN4功能研究
在細胞模型上對circACTN4進行敲低/過表達，利用transwell小室等實驗發現circACTN4能夠促進細胞增殖與轉移。进一步在小鼠模型上的研究也证实了这一现象的存在。
機制研究（细胞核）
前期的研究表明，circACTN4在細胞核與細胞質中均有分佈。作者首先研究了circACTN4在細胞核中發揮功能的作用機制。利用circACTN4過表達前後做RNA-seq找到下游調控的mRNA，通过CHIRP-PCR驗證circACTN4與差異mRNA啓動子結合，作者發現circACTN4能夠與FZD7啓動子區結合。进一步的CHIP-seq等實驗表明，circACTN4通過招募YBX1到FZD7的啓動子區，增强该区域的H3K27Ac修飾以及FZD7的轉錄，进而促进Wnt通路的激活。
機制研究（细胞质）
作者通過網站預測與雙熒光素酶等實驗發現，circACTN4能夠與miR-424-5P結合，通过ceRNA機制調控miR-424-5P下游靶基因YAP1的表達，而YAP1作爲Hippo信號通路中的關鍵蛋白，能够影响Hippo信號通路的激活，进而导致ICC的發生發展。
技術路線
結果展示
圖1. Arraystar Human circRNA芯片篩選找到circACTN4
A：ICC患者癌組織VS癌旁組織（n=7），芯片筛选结果聚类图。
B：临床大样本（n=60）验证circACTN4在ICC患者癌組織中上調。
圖2. CircACTN4功能研究
A：在细胞模型中过表达/敲低circACTN4影響癌細胞的遷移。
B：在小鼠模型中过表达/敲低circACTN4影響體內腫瘤的生長。
圖3. 機制研究（细胞核）
A：CHIRP實驗表明，circACTN4結合到FZD7基因上游800-1200bp左右的啓動子區域。
B：CHIP實驗表明，在敲低circACTN4的情況下，FZD7基因啓動子區結合的YBX1減少。
C：CHIP實驗表明，YBX1敲低的情況下，FZD7基因啓動子區的組蛋白H3K27AC修飾下降，表明转录减弱。
圖4. 機制研究（细胞质）
A：细胞中转入miR-424-5p mimic能够显著降低YAP1表达。
B：circACTN4、miR-424-5p、YAP1的结合位点示意图。
C：双荧光素酶实验发现，miR-425-5p能够靶向降解YAP1。
D：Ago-RIP实验证明circACTN4能够与miR-424-5P结合。
文章鏈接：
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168827821020250
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给我免费播放片高清在线观看生物丨数谱生物可提供的相关技术服务 CircRNA 表達研究技術平臺: CircRNA表達譜檢測——Arraystar circRNA芯片： 針對CircRNA反向剪接位點設計特異性探針，准确检测circRNA，比测序更适合于circRNA表達譜分析。助力客户发表SCI文章超過350篇； 技術成熟，circRNA反向剪接位點設計引物，特异性检测目标circRNA。 circRNA與蛋白互作(circRNA ChIRP-MS) CircRNA可作爲蛋白海綿或者蛋白結合的骨架，影响蛋白功能。 circRNA ChIRP-MS通過用biotin標記的RNA anti-sense與已交聯的樣本進行雜交，并通过固定化avidin對biotin進行Pull-Down，得到RNA結合蛋白（RBP）并通过质谱鉴定目标circRNA結合的蛋白。
miRNA研究平臺
其他circRNA研究技術平臺： circRNA m6A檢測——Arraystar circRNA表觀轉錄組芯片：
檢測發生m6A修飾的circRNA；定量修饰百分比及修饰变化；total RNA要求量低至3ug。
circRNA m6A 甲基化PCR檢測： （1）验证或者检测某个m6A 修飾的circRNA：m6A抗體富集發生m6A修飾的circRNA + circRNA反向剪接位點設計引物保證m6A-circRNA的精確檢測 （2） 确定含有潜在m6ACA位點的circRNA是否真實發生m6A修飾：RNase R去線性RNA+ MazF酶處理 + m6ACA位點PCR檢測 。
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