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單細胞測序技術服務 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 單細胞全轉錄組測序 |
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生物分子凝聚體研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 HyPro-seq/芯片 CHIRP-seq |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP-RNA seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 RIME MS CoIP-MS |
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NGS测序技术服务 R-loop 测序分析服务 |
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NGS测序技术服务 環狀DNA测序 |
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基因芯片技術服務 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表觀轉錄組學測序服務 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
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Ribo-seq Ribo seq |
核糖體-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC联合mRNA-seq |
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蛋白表達定量 Label free非标定量技术 TMT标记定量技术 PRM靶向定量 |
前列腺癌 (Prostate cancer, PCa) 是一種常見的男性癌症，也是西方国家癌症相关死亡的主要原因。局部前列腺癌可以通过根治性前列腺切除术治愈。然而，一旦肿瘤转移到腺体之外就很难治愈。 PCa的轉移是導致患者死亡的主要原因，大大降低了患者的寿命和生活质量。对于晚期转移性 PCa 患者，目前的治疗选择有限且无效。因此，确定转移性 PCa 的新生物標誌物和治療靶點是臨牀上的當務之急。
近期，南方醫科大學南方醫院泌尿外科趙善超研究團隊發表名爲“Hsa_circ_0003258 promotes prostate cancer metastasis by complexing with IGF2BP3 and sponging miR-653-5p”的研究性论文。该论文应用Arraystar Human circRNA芯片發現，前列腺癌组织中hsa_circ_0003258上調，通過吸附miR-653-5p調控ARHGAP5的表達，該circRNA還可以通過結合IGF2BP3促進HDAC4 mRNA穩定性。该研究成果于2022年1月發表在國際著名學術期刊《Molecular Cancer》 (IF:41.44)上。（circRNA芯片由给我免费播放片高清在线观看生物丨数谱生物提供技术服务）
研究思路
Arraystar Human circRNA芯片篩選
爲了研究 circRNA 在 前列腺癌pca發生發展中的作用，作者使用Arraystar Human circRNA芯片對前列腺癌及正常人（n=4vs4）的血浆进行了 circRNA 轉錄組分析。结果显示，PCa組和正常組共檢出了7131個circRNA。火山图显示了前列腺癌和正常样本之间 circRNA 的表達變化。与正常样品相比，PCa血漿中has_circ_0003258的水平下調。qRT-PCR驗證發現PCa血漿中has_circ_0003258表達與芯片結果一致，PCa組織和細胞中has_circ_0003258表達上調。
功能研究
hsa_circ_0003258表達上調與TNM晚期和ISUP分級相關。过表达及敲低hsa_circ_0003258研究PCa的功能影響，hsa_circ_0003258通過在體外誘導上皮間充質轉化(epithelial mesenchymal transformation, EMT)和體內腫瘤轉移促進了PCa細胞的遷移。
機制研究
定位實驗發現hsa_circ_0003258定位於細胞質，通过生信预测hsa_circ_0003258上有miR-653-5p的結合位點。通过双荧光素酶报告基因实验证实hsa_circ_0003258和miR-653-5p直接相互作用。通过miR-653-5p靶基因預測聯合敲低hsa_circ_0003258前後RNA-seq的差異mRNA，找到下游靶基因ARHGAP5。hsa_circ_0003258可以通過海綿吸附miR-653-5p提高Rho GTPase激活蛋白5 (ARHGAP5)的表達，促进EMT。
另外，RNA pull down實驗及RIP-qPCR實驗證實hsa_circ_0003258與hsa_circ_0003258與細胞質中的IGF2BP3結合，穩定IGF2BP3靶mRNA HDAC4表達，促進PCa的轉移。
技術路線
結果展示
圖1. Arraystar Human circRNA芯片篩選到hsa_circ_0003258
火山圖顯示前列腺癌血漿樣本中 circRNA 的表達譜。通过 qRT-PCR 驗證hsa_circ_0003258在前列腺癌組織和細胞中表達上調
功能研究
圖2. hsa_circ_0003258的功能研究
hsa_circ_0003258 促進 PCa 細胞的侵襲性。hsa_circ_0003258 siRNA敲除和過表達質粒後通過qRT-PCR檢測hsa_circ_0003258的水平。划痕实验检测hsa_circ_0003258 改變 PCa 細胞的遷移能力。
機制研究
1. hsa_circ_0003258通過hsa_circ_0003258/miR-653-5p/Arhgap5通路促進PCa轉移
圖3 左圖hsa_circ_0003258與miR-653-5p的預測結合位點。中图 hsa_circ_0003258 野生型 (WT) 和突變型 (Mut) 熒光素酶報告實驗設計。右图通过生信预测和敲低hsa_circ_0003258前後RNA-seq，找到下游靶基因ARHGAP5。
2. hsa_circ_0003258 和 IGF2BP3 形成複合物穩定HDAC4 mRNA促進PCa細胞的MT
圖4 左圖hsa_circ_0003258 RNA pull down-WB證明circRNA結合 IGF2BP3 。右图RIP-qPCR 分析顯示 IGF2BP3 和 hsa_circ_0003258相互作用。
圖5 hsa_circ_0003258促進PCa發生發展的分子機制示意圖
hsa_circ_0003258 通過 hsa_circ_0003258/miR-653-5p/ARHGAP5 軸hsa_circ_0003258/ IGF2BP3/HDAC4 軸調控PCa 的轉移。
文章鏈接:
https://molecular-cancer.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12943-021-01480-x
