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單細胞測序技術服務 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 單細胞全轉錄組測序 |
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生物分子凝聚體研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 HyPro-seq/芯片 CHIRP-seq |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP-RNA seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 RIME MS CoIP-MS |
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NGS测序技术服务 R-loop 测序分析服务 |
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NGS测序技术服务 環狀DNA测序 |
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基因芯片技術服務 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表觀轉錄組學測序服務 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
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Ribo-seq Ribo seq |
核糖體-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC联合mRNA-seq |
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蛋白表達定量 Label free非标定量技术 TMT标记定量技术 PRM靶向定量 |
廣州市婦女兒童醫療中心江華主任團隊在Molecular Cancer發表名爲“CircRNF220, not its linear cognate gene RNF220, regulates cell growth and is associated with relapse in pediatric acute myeloid leukemia”的研究性论文，该文章採用Arraystar human circRNA芯片篩選發現circRNF220在兒童急性髓系白血病(AML)骨髓组织和外周血中表达上调，与预后差密切相关,其表達水平也可以用於判斷AML的治療效果以及復發情況等。功能实验表明，circRNF220过表達顯著促進了AML細胞的生長並抑制細胞凋亡。 進一步的機制研究證明，circRNF220可以通過ceRNA機制結合miR-30a，從而調控下游的MYSM1及IER2等基因的表達水平，促进AML的發生發展。該研究成果於2021年發表在國際著名學術期刊Molecular Cancer上，影响因子为41.44（Arraystar Human circRNA芯片由给我免费播放片高清在线观看生物|數譜生物提供技術服務）。
研究背景
兒童急性髓系白血病（AML）属于儿童白血病的一種，目前发病率仅次于兒童急性淋巴細胞白血病（ALL），但是從治癒率看，儿童AML治癒率遠不如兒童ALL高。虽然儿童AML患者僅佔兒童急性白血病患者的15%左右，但是死亡病例能占到50%以上。因此，迫切需要为兒童AML尋找新的治療靶點和策略。
環狀RNA是由pre-mRNA經過反向剪切形成的共價閉合單鏈RNA，因而不同於線性RNA，circRNA沒有5’帽子和3’尾巴，从而对RNA外切酶不敏感，具有稳定性高的特點。已有研究表明，circRNA可以通過ceRNA机制結合miRNA、翻译蛋白或者結合蛋白發揮功能。此外，目前有越來越多的研究發現，circRNA在腫瘤的發生發展中具有重要的功能，因而可以作爲生物標誌物進行臨牀的輔助診斷，具有非常重要的科研意義與臨牀價值。
研究思路
Arraystar human circRNA芯片高通量篩選
爲了研究circRNA在兒童AML发生发展过程中的作用，作者利用儿童AML患者的骨髓樣本與正常骨髓樣本（N=5）進行了Arraystar human circRNA芯片篩選，發現circRNF220 ((hsa_circ_0012152)在兒童AML患者骨髓中表達顯著上調。并用RNase R等實驗證實了circRNF220的環形結構。
Q-PCR驗證及臨牀應用
通过芯片篩選找到circRNF220后，作者利用临床大樣本q-PCR驗證發現circRNF220在兒童AML患者骨髓及外周血樣本中均顯著上調。ROC曲線等試驗表明，circRNF220表达水平可以用於診斷兒童AML。此外，對未治療（P）患者，誘導與鞏固治療達到完全應答（CR）的患者和復發（Re）患者的circRNF220水平进行比較發現，circRNF220水平在CR患者中相比未治療患者出現顯著下降，而在Re患者體內circRNF220水平回升到與未治療患者相當的水平，表明circRNF220可用於分析兒童AML治療效果。進一步生存曲線研究表明，circRNF220高表达的患者預後較差。
CircRNF220功能研究
细胞层面的研究發現，circRNF220过表达可导致滞留在G0/G1期的癌細胞佔比下降，而进入细胞周期的S期細胞佔比增加，促進細胞的增殖，同時細胞更多處於未分化狀態。利用流式分析兒童AML原代細胞敲低circRNF220的凋亡結果表明，敲低circRNF220会促進腫瘤細胞的凋亡。
CircRNF220機制研究
为了研究circRNF220的作用機制，作者在兒童AML患者原代細胞中敲低circRNF220后進行RNA-seq檢測。GSEA分析以及KEGG分析結果表明，凋亡通路以及與AML復發的相關通路存在顯著富集。進一步類CHIRP-PCR實驗等表明，circRNF220与miR-30a结合，從而抑制miR-30a与其靶向的MYSM1以及IER2等蛋白的結合，上調這些蛋白的表達水平，促进AML的發生發展。
技術路線
結果展示
Arraystar Human circular RNA芯片篩選
圖1：Arraystar circRNA芯片篩選發現circRNF220在癌组织表达上调。
A、Arraystar circRNA芯片散點圖顯示circRNF220在癌组织表达上调；
B、qPCR驗證發現circRNF220在癌組織表達上調；
C、Rnase R消化驗證circRNF220的環形結構。
q-PCR驗證與臨牀應用
圖2：不同樣本circRNF220的PCR驗證及臨牀應用。
A、AML患者骨髓樣本circRNF220表达显著升高，HC爲健康對照，M1-M7爲AML的不同階段；
B、AML患者外周血中circRNF220表达水平顯著升高；
C、ROC曲线分析表明外周血中circRNF220表达水平可以用於區分AML患者與健康人；
D、不同患者的q-PCR结果表明，對誘導及鞏固治療完全應答（CR）的患者的circRNF220表达水平相比未治療組（P）出現明顯下降，而复发（Re）患者的circRNF220则出現顯著的回升；
E、生存曲線分析表明，高表达circRNF220患者的預後較差。
CircRNF220功能研究
圖3：circRNF220促进肿瘤細胞增殖並抑制凋亡。
A、circRNF220過表達可促進THP-1细胞系的细胞增殖；
B、circRNF220過表達使得HL-60細胞系的細胞更多的處在S期；
C、circRNF220敲低可促進細胞凋亡。
CircRNF220機制研究
圖4： circRNF220结合miR-30a发挥調控功能。
A、類CHIRP-PCR實驗證實circRNF220与miR-30a結合；
B、miR-30a下游通過調控MYSM1以及IER2等基因表達從而促進腫瘤的發生發展。
研究意義
为了发现兒童AML疾病背後的發生機制，作者使用Arraystar human circRNA芯片篩選發現circRNF220在兒童AML患者骨髓及外周血中表達上調，並且該指標與預後差密切相關，同時也可以反映相應的治療效果。功能实验表明，circRNF220顯著促進了AML细胞的生長並抑制凋亡。机制研究证明，circRNF220可以和miR-30a结合，调控下游的MYSM1以及IER2等基因的表達從而促進AML的發生發展。总而言之，這項工作內容詳實，数据丰富，對相關疾病的機制研究與臨牀治療具有重要的意義與價值。
原文出處
https://molecular-cancer.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12943-021-01395-7
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